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https://git.gfz-potsdam.de/naaice/iphreeqc.git
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git-svn-id: svn://136.177.114.72/svn_GW/IPhreeqc/trunk@8427 1feff8c3-07ed-0310-ac33-dd36852eb9cd
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Scott R Charlton
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668817a8d5
commit
04fe122cc8
674
R/R.cpp
Normal file
674
R/R.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,674 @@
|
||||
#include <R.h>
|
||||
#include <Rdefines.h>
|
||||
#include <sstream>
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include "Var.h"
|
||||
#include "IPhreeqc.hpp"
|
||||
|
||||
static IPhreeqc s_iphreeqc;
|
||||
|
||||
|
||||
extern "C" {
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
accumLine(SEXP line)
|
||||
{
|
||||
const char* str_in;
|
||||
|
||||
// check args
|
||||
if (!isString(line) || length(line) != 1) {
|
||||
error("AccumulateLine:line is not a single string\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
str_in = CHAR(STRING_ELT(line, 0));
|
||||
|
||||
if (s_iphreeqc.AccumulateLine(str_in) != VR_OK) {
|
||||
std::ostringstream oss;
|
||||
oss << s_iphreeqc.GetErrorString();
|
||||
error(oss.str().c_str());
|
||||
}
|
||||
|
||||
return(R_NilValue);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
clearAccum(void)
|
||||
{
|
||||
s_iphreeqc.ClearAccumulatedLines();
|
||||
return(R_NilValue);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getErrorFileOn(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(LGLSXP, 1));
|
||||
if (s_iphreeqc.GetErrorFileOn()) {
|
||||
LOGICAL(ans)[0] = TRUE;
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
LOGICAL(ans)[0] = FALSE;
|
||||
}
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setDumpFileOn(SEXP value)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isLogical(value) || length(value) != 1) {
|
||||
error("SetDumpFileOn:value must either be \"TRUE\" or \"FALSE\"\n");
|
||||
}
|
||||
s_iphreeqc.SetDumpFileOn(LOGICAL(value)[0]);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setErrorFileOn(SEXP value)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isLogical(value) || length(value) != 1) {
|
||||
error("SetErrorFileOn:value must either be \"TRUE\" or \"FALSE\"\n");
|
||||
}
|
||||
s_iphreeqc.SetErrorFileOn(LOGICAL(value)[0]);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setLogFileOn(SEXP value)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isLogical(value) || length(value) != 1) {
|
||||
error("SetLogFileOn:value must either be \"TRUE\" or \"FALSE\"\n");
|
||||
}
|
||||
s_iphreeqc.SetLogFileOn(LOGICAL(value)[0]);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setOutputFileOn(SEXP value)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isLogical(value) || length(value) != 1) {
|
||||
error("SetOutputFileOn:value must either be \"TRUE\" or \"FALSE\"\n");
|
||||
}
|
||||
s_iphreeqc.SetOutputFileOn(LOGICAL(value)[0]);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setSelectedOutputFileOn(SEXP value)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isLogical(value) || length(value) != 1) {
|
||||
error("SetSelectedOutputFileOn:value must either be \"TRUE\" or \"FALSE\"\n");
|
||||
}
|
||||
s_iphreeqc.SetSelectedOutputFileOn(LOGICAL(value)[0]);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
//{{
|
||||
SEXP
|
||||
setDumpStringOn(SEXP value)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isLogical(value) || length(value) != 1) {
|
||||
error("SetDumpStringOn:value must either be \"TRUE\" or \"FALSE\"\n");
|
||||
}
|
||||
s_iphreeqc.SetDumpStringOn(LOGICAL(value)[0]);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setErrorStringOn(SEXP value)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isLogical(value) || length(value) != 1) {
|
||||
error("SetErrorStringOn:value must either be \"TRUE\" or \"FALSE\"\n");
|
||||
}
|
||||
s_iphreeqc.SetErrorStringOn(LOGICAL(value)[0]);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setLogStringOn(SEXP value)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isLogical(value) || length(value) != 1) {
|
||||
error("SetLogStringOn:value must either be \"TRUE\" or \"FALSE\"\n");
|
||||
}
|
||||
s_iphreeqc.SetLogStringOn(LOGICAL(value)[0]);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setOutputStringOn(SEXP value)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isLogical(value) || length(value) != 1) {
|
||||
error("SetOutputStringOn:value must either be \"TRUE\" or \"FALSE\"\n");
|
||||
}
|
||||
s_iphreeqc.SetOutputStringOn(LOGICAL(value)[0]);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setSelectedOutputStringOn(SEXP value)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isLogical(value) || length(value) != 1) {
|
||||
error("SetSelectedOutputStringOn:value must either be \"TRUE\" or \"FALSE\"\n");
|
||||
}
|
||||
s_iphreeqc.SetSelectedOutputStringOn(LOGICAL(value)[0]);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
//{{
|
||||
SEXP
|
||||
setDumpFileName(SEXP filename)
|
||||
{
|
||||
const char* name;
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isString(filename) || length(filename) != 1) {
|
||||
error("SetDumpFileName:filename is not a single string\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
name = CHAR(STRING_ELT(filename, 0));
|
||||
s_iphreeqc.SetDumpFileName(name);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setErrorFileName(SEXP filename)
|
||||
{
|
||||
const char* name;
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isString(filename) || length(filename) != 1) {
|
||||
error("SetErrorFileName:filename is not a single string\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
name = CHAR(STRING_ELT(filename, 0));
|
||||
s_iphreeqc.SetErrorFileName(name);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setLogFileName(SEXP filename)
|
||||
{
|
||||
const char* name;
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isString(filename) || length(filename) != 1) {
|
||||
error("SetLogFileName:filename is not a single string\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
name = CHAR(STRING_ELT(filename, 0));
|
||||
s_iphreeqc.SetLogFileName(name);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setOutputFileName(SEXP filename)
|
||||
{
|
||||
const char* name;
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isString(filename) || length(filename) != 1) {
|
||||
error("SetOutputFileName:filename is not a single string\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
name = CHAR(STRING_ELT(filename, 0));
|
||||
s_iphreeqc.SetOutputFileName(name);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
setSelectedOutputFileName(SEXP filename)
|
||||
{
|
||||
const char* name;
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
// check args
|
||||
if (!isString(filename) || length(filename) != 1) {
|
||||
error("SetSelectedOutputFileName:filename is not a single string\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
name = CHAR(STRING_ELT(filename, 0));
|
||||
s_iphreeqc.SetSelectedOutputFileName(name);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
//}}
|
||||
|
||||
////{{
|
||||
SEXP
|
||||
getDumpString(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetDumpString()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getLogString(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetLogString()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getOutputString(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetOutputString()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getSelectedOutputString(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetSelectedOutputString()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getWarningString(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetWarningString()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
////}}
|
||||
|
||||
//{{
|
||||
SEXP
|
||||
getDumpFileName(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetDumpFileName()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getErrorFileName(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetErrorFileName()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getLogFileName(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetLogFileName()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getOutputFileName(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetOutputFileName()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getSelectedOutputFileName(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetSelectedOutputFileName()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
//}}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
listComps(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
|
||||
std::list< std::string > lc = s_iphreeqc.ListComponents();
|
||||
if (lc.size() > 0) {
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, lc.size()));
|
||||
std::list< std::string >::iterator li = lc.begin();
|
||||
for (int i = 0; li != lc.end(); ++i, ++li) {
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, i, mkChar((*li).c_str()));
|
||||
}
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return(ans);
|
||||
}
|
||||
|
||||
return(R_NilValue);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
loadDB(SEXP filename)
|
||||
{
|
||||
const char* name;
|
||||
|
||||
// check args
|
||||
if (!isString(filename) || length(filename) != 1) {
|
||||
error("filename is not a single string\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
name = CHAR(STRING_ELT(filename, 0));
|
||||
|
||||
if (s_iphreeqc.LoadDatabase(name) != VR_OK) {
|
||||
std::ostringstream oss;
|
||||
oss << s_iphreeqc.GetErrorString();
|
||||
error(oss.str().c_str());
|
||||
}
|
||||
|
||||
return(R_NilValue);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
loadDBStr(SEXP input)
|
||||
{
|
||||
const char* string;
|
||||
|
||||
// check args
|
||||
if (!isString(input) || length(input) != 1) {
|
||||
error("input is not a single string\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
string = CHAR(STRING_ELT(input, 0));
|
||||
|
||||
if (s_iphreeqc.LoadDatabaseString(string) != VR_OK) {
|
||||
std::ostringstream oss;
|
||||
oss << s_iphreeqc.GetErrorString();
|
||||
error(oss.str().c_str());
|
||||
}
|
||||
|
||||
return(R_NilValue);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getAccumLines(void)
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetAccumulatedLines().c_str()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
phreeqcDat(void)
|
||||
{
|
||||
extern const char PHREEQC_DAT[];
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(PHREEQC_DAT));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
runAccum(void)
|
||||
{
|
||||
if (s_iphreeqc.RunAccumulated() != VR_OK) {
|
||||
std::ostringstream oss;
|
||||
oss << s_iphreeqc.GetErrorString();
|
||||
error(oss.str().c_str());
|
||||
}
|
||||
return(R_NilValue);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
runFile(SEXP filename)
|
||||
{
|
||||
const char* name;
|
||||
|
||||
// check args
|
||||
if (!isString(filename) || length(filename) != 1) {
|
||||
error("RunFile: filename is not a single string\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
name = CHAR(STRING_ELT(filename, 0));
|
||||
if (s_iphreeqc.RunFile(name) != VR_OK) {
|
||||
std::ostringstream oss;
|
||||
oss << s_iphreeqc.GetErrorString();
|
||||
error(oss.str().c_str());
|
||||
}
|
||||
|
||||
return(R_NilValue);
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
runString(SEXP input)
|
||||
{
|
||||
const char* in;
|
||||
|
||||
// check args
|
||||
if (!isString(input) || length(input) != 1) {
|
||||
error("RunString: input is not a single string\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
in = CHAR(STRING_ELT(input, 0));
|
||||
if (s_iphreeqc.RunString(in) != VR_OK) {
|
||||
std::ostringstream oss;
|
||||
oss << s_iphreeqc.GetErrorString();
|
||||
error(oss.str().c_str());
|
||||
}
|
||||
|
||||
return(R_NilValue);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
/* SEXP */
|
||||
/* getColumnCount() */
|
||||
/* { */
|
||||
/* SEXP cols = R_NilValue; */
|
||||
/* PROTECT(cols = allocVector(INTSXP, 1)); */
|
||||
/* INTEGER(cols)[0] = GetSelectedOutputColumnCount(); */
|
||||
/* UNPROTECT(1); */
|
||||
/* return cols; */
|
||||
/* } */
|
||||
|
||||
/* SEXP */
|
||||
/* getRowCount() */
|
||||
/* { */
|
||||
/* SEXP rows = R_NilValue; */
|
||||
/* PROTECT(rows = allocVector(INTSXP, 1)); */
|
||||
/* INTEGER(rows)[0] = GetSelectedOutputRowCount(); */
|
||||
/* UNPROTECT(1); */
|
||||
/* return rows; */
|
||||
/* } */
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getCol(int ncol)
|
||||
{
|
||||
int r;
|
||||
int cols;
|
||||
int rows;
|
||||
VAR vn;
|
||||
VAR vv;
|
||||
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
|
||||
cols = s_iphreeqc.GetSelectedOutputColumnCount();
|
||||
rows = s_iphreeqc.GetSelectedOutputRowCount();
|
||||
if (cols == 0 || rows == 0) {
|
||||
//error("getColumn: no data\n");
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
VarInit(&vn);
|
||||
s_iphreeqc.GetSelectedOutputValue(0, ncol, &vn);
|
||||
|
||||
VarInit(&vv);
|
||||
s_iphreeqc.GetSelectedOutputValue(1, ncol, &vv);
|
||||
|
||||
switch (vv.type) {
|
||||
case TT_LONG:
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(INTSXP, rows-1));
|
||||
for (r = 1; r < rows; ++r) {
|
||||
VarInit(&vv);
|
||||
s_iphreeqc.GetSelectedOutputValue(r, ncol, &vv);
|
||||
if (vv.lVal == -99) {
|
||||
INTEGER(ans)[r-1] = NA_INTEGER;
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
INTEGER(ans)[r-1] = vv.lVal;
|
||||
}
|
||||
VarClear(&vv);
|
||||
}
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
break;
|
||||
case TT_DOUBLE:
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(REALSXP, rows-1));
|
||||
for (r = 1; r < rows; ++r) {
|
||||
VarInit(&vv);
|
||||
s_iphreeqc.GetSelectedOutputValue(r, ncol, &vv);
|
||||
if (vv.dVal == -999.999) {
|
||||
REAL(ans)[r-1] = NA_REAL;
|
||||
}
|
||||
else {
|
||||
REAL(ans)[r-1] = vv.dVal;
|
||||
}
|
||||
VarClear(&vv);
|
||||
}
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
break;
|
||||
case TT_STRING:
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, rows-1));
|
||||
for (r = 1; r < rows; ++r) {
|
||||
VarInit(&vv);
|
||||
s_iphreeqc.GetSelectedOutputValue(r, ncol, &vv);
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, r-1, mkChar(vv.sVal));
|
||||
VarClear(&vv);
|
||||
}
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
break;
|
||||
case TT_EMPTY:
|
||||
break;
|
||||
case TT_ERROR:
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/* SEXP */
|
||||
/* getColumn(SEXP column) */
|
||||
/* { */
|
||||
/* int ncol; */
|
||||
|
||||
/* PROTECT(column = AS_INTEGER(column)); */
|
||||
/* ncol = INTEGER_POINTER(column)[0]; */
|
||||
/* UNPROTECT(1); */
|
||||
|
||||
/* return getCol(ncol); */
|
||||
/* } */
|
||||
|
||||
#define CONVERT_TO_DATA_FRAME
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getSelOut(void)
|
||||
{
|
||||
int r;
|
||||
int c;
|
||||
int cols;
|
||||
int rows;
|
||||
VAR vn;
|
||||
|
||||
SEXP list;
|
||||
SEXP attr;
|
||||
SEXP col;
|
||||
|
||||
#if defined(CONVERT_TO_DATA_FRAME)
|
||||
SEXP klass;
|
||||
SEXP row_names;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
list = R_NilValue;
|
||||
|
||||
cols = s_iphreeqc.GetSelectedOutputColumnCount();
|
||||
rows = s_iphreeqc.GetSelectedOutputRowCount();
|
||||
if (cols == 0 || rows == 0) {
|
||||
return list;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
PROTECT(list = allocVector(VECSXP, cols));
|
||||
PROTECT(attr = allocVector(STRSXP, cols));
|
||||
for (c = 0; c < cols; ++c) {
|
||||
|
||||
VarInit(&vn);
|
||||
s_iphreeqc.GetSelectedOutputValue(0, c, &vn);
|
||||
|
||||
PROTECT(col = getCol(c));
|
||||
|
||||
SET_VECTOR_ELT(list, c, col);
|
||||
SET_STRING_ELT(attr, c, mkChar(vn.sVal));
|
||||
|
||||
VarClear(&vn);
|
||||
}
|
||||
|
||||
setAttrib(list, R_NamesSymbol, attr);
|
||||
|
||||
|
||||
#if defined(CONVERT_TO_DATA_FRAME)
|
||||
/* Turn the data "list" into a "data.frame" */
|
||||
/* see model.c */
|
||||
|
||||
PROTECT(klass = mkString("data.frame"));
|
||||
setAttrib(list, R_ClassSymbol, klass);
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
|
||||
PROTECT(row_names = allocVector(INTSXP, rows-1));
|
||||
for (r = 0; r < rows-1; ++r) INTEGER(row_names)[r] = r+1;
|
||||
setAttrib(list, R_RowNamesSymbol, row_names);
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
UNPROTECT(2+cols);
|
||||
return list;
|
||||
}
|
||||
|
||||
SEXP
|
||||
getErrStr()
|
||||
{
|
||||
SEXP ans = R_NilValue;
|
||||
PROTECT(ans = allocVector(STRSXP, 1));
|
||||
SET_STRING_ELT(ans, 0, mkChar(s_iphreeqc.GetErrorString()));
|
||||
UNPROTECT(1);
|
||||
return ans;
|
||||
}
|
||||
|
||||
} // extern "C"
|
||||
12
R/cleanup
Executable file
12
R/cleanup
Executable file
@ -0,0 +1,12 @@
|
||||
rm -f phreeqc/src/*.c
|
||||
rm -f phreeqc/src/*.cpp
|
||||
rm -f phreeqc/src/*.h
|
||||
rm -f phreeqc/src/*.hpp
|
||||
rm -f phreeqc/src/*.hxx
|
||||
rm -f phreeqc/src/*.o
|
||||
rm -f phreeqc/src/Makevars
|
||||
rm -f phreeqc/src/phreeqc.so
|
||||
rm -f phreeqc/src/phreeqcpp/*.c
|
||||
rm -f phreeqc/src/phreeqcpp/*.cpp
|
||||
rm -f phreeqc/src/phreeqcpp/*.h
|
||||
rm -f phreeqc/src/phreeqcpp/*.o
|
||||
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