mirror of
https://git.gfz-potsdam.de/naaice/iphreeqc.git
synced 2025-12-15 16:18:22 +01:00
Moving class_main, phreeqc.cpp and phreeqc.h into phreeqcpp.sln
Making a new configuration for compilation. git-svn-id: svn://136.177.114.72/svn_GW/phreeqcpp/trunk@3850 1feff8c3-07ed-0310-ac33-dd36852eb9cd
This commit is contained in:
David L Parkhurst
parent
07d5fa7413
commit
b33830cc5c
387
Phreeqc.cpp
Normal file
387
Phreeqc.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,387 @@
|
||||
#include "Phreeqc.h"
|
||||
//class Phreeqc
|
||||
//{
|
||||
// Phreeqc(void);
|
||||
// ~Phreeqc(void);
|
||||
//};
|
||||
#include <algorithm> // std::replace
|
||||
|
||||
Phreeqc::Phreeqc(void)
|
||||
{
|
||||
s_pTail = NULL;
|
||||
user_database = NULL;
|
||||
output = NULL;
|
||||
log_file = NULL;
|
||||
punch_file = NULL;
|
||||
dump_file = NULL;
|
||||
error_file = NULL;
|
||||
rates = NULL;
|
||||
tally_table = NULL;
|
||||
spec = NULL;
|
||||
cations = NULL;
|
||||
anions = NULL;
|
||||
neutrals = NULL;
|
||||
IPRSNT = NULL;
|
||||
M = NULL;
|
||||
LGAMMA = NULL;
|
||||
sit_params = NULL;
|
||||
sit_LGAMMA = NULL;
|
||||
sit_IPRSNT = NULL;
|
||||
sit_M = NULL;
|
||||
|
||||
struct const_iso
|
||||
{
|
||||
const char *name;
|
||||
LDBLE value;
|
||||
LDBLE uncertainty;
|
||||
};
|
||||
|
||||
|
||||
struct const_iso temp_iso_defaults[] = {
|
||||
{"13C", -10, 1},
|
||||
{"13C(4)", -10, 1},
|
||||
{"13C(-4)", -50, 5},
|
||||
{"34S", 10, 1},
|
||||
{"34S(6)", 10, 1},
|
||||
{"34S(-2)", -30, 5},
|
||||
{"2H", -28, 1},
|
||||
{"18O", -5, .1},
|
||||
{"87Sr", .71, .01},
|
||||
{"11B", 20, 5}
|
||||
};
|
||||
int temp_count_iso_defaults =
|
||||
(sizeof(temp_iso_defaults) / sizeof(struct const_iso));
|
||||
|
||||
count_iso_defaults = temp_count_iso_defaults;
|
||||
iso_defaults = new iso[count_iso_defaults];
|
||||
|
||||
int i;
|
||||
for (i = 0; i < temp_count_iso_defaults; i++)
|
||||
{
|
||||
iso_defaults[i].name = string_duplicate(temp_iso_defaults[i].name);
|
||||
iso_defaults[i].value = temp_iso_defaults[i].value;
|
||||
iso_defaults[i].uncertainty = temp_iso_defaults[i].uncertainty;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
struct const_key keyword_temp[] = {
|
||||
{"eof", 0},
|
||||
{"end", 0},
|
||||
{"solution_species", 0},
|
||||
{"solution_master_species", 0},
|
||||
{"solution", 0},
|
||||
{"phases", 0},
|
||||
{"pure_phases", 0},
|
||||
{"reaction", 0},
|
||||
{"mix", 0},
|
||||
{"use", 0},
|
||||
{"save", 0},
|
||||
{"exchange_species", 0},
|
||||
{"exchange_master_species", 0},
|
||||
{"exchange", 0},
|
||||
{"surface_species", 0},
|
||||
{"surface_master_species", 0},
|
||||
{"surface", 0},
|
||||
{"reaction_temperature", 0},
|
||||
{"inverse_modeling", 0},
|
||||
{"gas_phase", 0},
|
||||
{"transport", 0},
|
||||
{"debug", 0},
|
||||
{"selected_output", 0},
|
||||
{"select_output", 0},
|
||||
{"knobs", 0},
|
||||
{"print", 0},
|
||||
{"equilibrium_phases", 0},
|
||||
{"equilibria", 0},
|
||||
{"equilibrium", 0},
|
||||
{"pure", 0},
|
||||
{"title", 0},
|
||||
{"comment", 0},
|
||||
{"advection", 0},
|
||||
{"kinetics", 0},
|
||||
{"incremental_reactions", 0},
|
||||
{"incremental", 0},
|
||||
{"rates", 0},
|
||||
{"solution_s", 0},
|
||||
{"user_print", 0},
|
||||
{"user_punch", 0},
|
||||
{"solid_solutions", 0},
|
||||
{"solid_solution", 0},
|
||||
{"solution_spread", 0},
|
||||
{"spread_solution", 0},
|
||||
{"selected_out", 0},
|
||||
{"select_out", 0},
|
||||
{"user_graph", 0},
|
||||
{"llnl_aqueous_model_parameters", 0},
|
||||
{"llnl_aqueous_model", 0},
|
||||
{"database", 0},
|
||||
{"named_analytical_expression", 0},
|
||||
{"named_analytical_expressions", 0},
|
||||
{"named_expressions", 0},
|
||||
{"named_log_k", 0},
|
||||
{"isotopes", 0},
|
||||
{"calculate_values", 0},
|
||||
{"isotope_ratios", 0},
|
||||
{"isotope_alphas", 0},
|
||||
{"copy", 0},
|
||||
{"pitzer", 0},
|
||||
{"sit", 0}
|
||||
#ifdef PHREEQC_CPP
|
||||
,
|
||||
{"solution_raw", 0},
|
||||
{"exchange_raw", 0},
|
||||
{"surface_raw", 0},
|
||||
{"equilibrium_phases_raw", 0},
|
||||
{"kinetics_raw", 0},
|
||||
{"solid_solutions_raw", 0},
|
||||
{"gas_phase_raw", 0},
|
||||
{"reaction_raw", 0},
|
||||
{"mix_raw", 0},
|
||||
{"reaction_temperature_raw", 0},
|
||||
{"dump", 0},
|
||||
{"solution_modify", 0},
|
||||
{"equilibrium_phases_modify", 0},
|
||||
{"exchange_modify", 0},
|
||||
{"surface_modify", 0},
|
||||
{"solid_solutions_modify", 0},
|
||||
{"gas_phase_modify", 0},
|
||||
{"kinetics_modify", 0},
|
||||
{"delete", 0},
|
||||
{"run_cells", 0}
|
||||
#endif
|
||||
};
|
||||
NKEYS = (sizeof(keyword_temp) / sizeof(struct const_key)); /* Number of valid keywords */
|
||||
|
||||
|
||||
//keyword = (struct const_key *) PHRQ_malloc((size_t) (NKEYS * sizeof(const_key)));
|
||||
keyword = new const_key[NKEYS];
|
||||
for (i = 0; i < NKEYS; i++)
|
||||
{
|
||||
keyword[i].name = string_duplicate(keyword_temp[i].name);
|
||||
keyword[i].keycount = 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
// basic.c
|
||||
struct const_key command_temp[] = {
|
||||
{"and", tokand},
|
||||
{"or", tokor},
|
||||
{"xor", tokxor},
|
||||
{"not", toknot},
|
||||
{"mod", tokmod},
|
||||
{"sqr", toksqr},
|
||||
{"sqrt", toksqrt},
|
||||
{"sin", toksin},
|
||||
{"cos", tokcos},
|
||||
{"tan", toktan},
|
||||
{"arctan", tokarctan},
|
||||
{"log", toklog},
|
||||
{"exp", tokexp},
|
||||
{"abs", tokabs},
|
||||
{"sgn", toksgn},
|
||||
{"str$", tokstr_},
|
||||
{"val", tokval},
|
||||
{"chr$", tokchr_},
|
||||
{"asc", tokasc},
|
||||
{"len", toklen},
|
||||
{"mid$", tokmid_},
|
||||
{"peek", tokpeek},
|
||||
{"let", toklet},
|
||||
{"print", tokprint},
|
||||
{"punch", tokpunch},
|
||||
#ifdef PHREEQ98
|
||||
{"graph_x", tokgraph_x},
|
||||
{"graph_y", tokgraph_y},
|
||||
{"graph_sy", tokgraph_sy},
|
||||
#endif
|
||||
{"input", tokinput},
|
||||
{"goto", tokgoto},
|
||||
{"go to", tokgoto},
|
||||
{"if", tokif},
|
||||
{"end", tokend},
|
||||
{"stop", tokstop},
|
||||
{"for", tokfor},
|
||||
{"next", toknext},
|
||||
{"while", tokwhile},
|
||||
{"wend", tokwend},
|
||||
{"gosub", tokgosub},
|
||||
{"return", tokreturn},
|
||||
{"read", tokread},
|
||||
{"data", tokdata},
|
||||
{"restore", tokrestore},
|
||||
{"gotoxy", tokgotoxy},
|
||||
{"on", tokon},
|
||||
{"dim", tokdim},
|
||||
{"poke", tokpoke},
|
||||
{"list", toklist},
|
||||
{"run", tokrun},
|
||||
{"new", toknew},
|
||||
{"load", tokload},
|
||||
{"merge", tokmerge},
|
||||
{"save", toksave},
|
||||
{"bye", tokbye},
|
||||
{"quit", tokbye},
|
||||
{"del", tokdel},
|
||||
{"renum", tokrenum},
|
||||
{"then", tokthen},
|
||||
{"else", tokelse},
|
||||
{"to", tokto},
|
||||
{"step", tokstep},
|
||||
{"tc", toktc},
|
||||
{"tk", toktk},
|
||||
{"time", toktime},
|
||||
{"sim_time", toksim_time},
|
||||
{"total_time", toktotal_time},
|
||||
{"m0", tokm0},
|
||||
{"m", tokm},
|
||||
{"parm", tokparm},
|
||||
{"act", tokact},
|
||||
{"edl", tokedl},
|
||||
{"surf", toksurf},
|
||||
{"equi", tokequi},
|
||||
{"kin", tokkin},
|
||||
{"gas", tokgas},
|
||||
{"s_s", toks_s},
|
||||
{"misc1", tokmisc1},
|
||||
{"misc2", tokmisc2},
|
||||
{"mu", tokmu},
|
||||
{"osmotic", tokosmotic},
|
||||
{"alk", tokalk},
|
||||
{"lk_species", toklk_species},
|
||||
{"lk_named", toklk_named},
|
||||
{"lk_phase", toklk_phase},
|
||||
{"sum_species", toksum_species},
|
||||
{"sum_gas", toksum_gas},
|
||||
{"sum_s_s", toksum_s_s},
|
||||
{"calc_value", tokcalc_value},
|
||||
{"description", tokdescription},
|
||||
{"sys", toksys},
|
||||
{"instr", tokinstr},
|
||||
{"ltrim", tokltrim},
|
||||
{"rtrim", tokrtrim},
|
||||
{"trim", toktrim},
|
||||
{"pad", tokpad},
|
||||
{"rxn", tokrxn},
|
||||
{"dist", tokdist},
|
||||
{"mol", tokmol},
|
||||
{"la", tokla},
|
||||
{"lm", toklm},
|
||||
{"sr", toksr},
|
||||
{"si", toksi},
|
||||
{"step_no", tokstep_no},
|
||||
{"cell_no", tokcell_no},
|
||||
{"sim_no", toksim_no},
|
||||
{"tot", toktot},
|
||||
{"log10", toklog10},
|
||||
{"charge_balance", tokcharge_balance},
|
||||
{"percent_error", tokpercent_error},
|
||||
{"put", tokput},
|
||||
{"get", tokget},
|
||||
{"exists", tokexists},
|
||||
{"rem", tokrem},
|
||||
{"change_por", tokchange_por},
|
||||
{"get_por", tokget_por},
|
||||
{"change_surf", tokchange_surf},
|
||||
{"porevolume", tokporevolume},
|
||||
{"sc", toksc},
|
||||
{"gamma", tokgamma},
|
||||
/* VP: Density Start */
|
||||
{"lg", toklg},
|
||||
{"rho", tokrho}
|
||||
/* VP: Density End */
|
||||
};
|
||||
NCMDS = (sizeof(command_temp) / sizeof(struct const_key));
|
||||
command = new const_key[NCMDS];
|
||||
for (i = 0; i < NCMDS; i++)
|
||||
{
|
||||
command[i].name = string_duplicate(command_temp[i].name);
|
||||
command[i].keycount = command_temp[i].keycount;
|
||||
}
|
||||
|
||||
//cl1.c
|
||||
x_arg = NULL, res_arg = NULL, scratch = NULL;
|
||||
x_arg_max = 0, res_arg_max = 0, scratch_max = 0;
|
||||
|
||||
// dw.c
|
||||
GASCON = 0.461522e0;
|
||||
TZ = 647.073e0;
|
||||
AA = 1.e0;
|
||||
G1 = 11.e0;
|
||||
G2 = 44.333333333333e0;
|
||||
GF = 3.5e0;
|
||||
|
||||
// model.c
|
||||
min_value = 1e-10;
|
||||
normal = NULL;
|
||||
ineq_array = NULL;
|
||||
res = NULL;
|
||||
cu = NULL;
|
||||
zero = NULL;
|
||||
delta1 = NULL;
|
||||
iu = NULL;
|
||||
is = NULL;
|
||||
back_eq = NULL;
|
||||
normal_max = 0;
|
||||
ineq_array_max = 0;
|
||||
res_max = 0;
|
||||
cu_max = 0;
|
||||
zero_max = 0;
|
||||
delta1_max = 0;
|
||||
iu_max = 0;
|
||||
is_max = 0;
|
||||
back_eq_max = 0;
|
||||
|
||||
// output.c
|
||||
output_callbacks = new Phreeqc::output_callback[MAX_CALLBACKS];
|
||||
count_output_callback = 0;
|
||||
forward_output_to_log = 0;
|
||||
|
||||
// phqalloc.c
|
||||
//s_pTail = NULL;
|
||||
|
||||
// transport.c
|
||||
J_ij = NULL;
|
||||
J_ij_il = NULL;
|
||||
m_s = NULL;
|
||||
|
||||
default_data_base = string_duplicate("phreeqc.dat");
|
||||
|
||||
//FILE *input_file = NULL;
|
||||
//FILE *database_file = NULL;
|
||||
//FILE *output = NULL; /* OUTPUT_MESSAGE */
|
||||
//FILE *log_file = NULL; /* OUTPUT_LOG */
|
||||
//FILE *punch_file = NULL; /* OUTPUT_PUNCH */
|
||||
//FILE *error_file = NULL; /* OUTPUT_ERROR */
|
||||
//FILE *dump_file = NULL; /* OUTPUT_DUMP */
|
||||
}
|
||||
|
||||
Phreeqc::~Phreeqc(void)
|
||||
{
|
||||
|
||||
clean_up();
|
||||
close_input_files();
|
||||
close_output_files();
|
||||
|
||||
int i;
|
||||
for (i = 0; i < count_iso_defaults; i++)
|
||||
{
|
||||
iso_defaults[i].name = (char *) free_check_null((void *) iso_defaults[i].name);
|
||||
}
|
||||
for (i = 0; i < NKEYS; i++)
|
||||
{
|
||||
keyword[i].name = (char *) free_check_null((void *) keyword[i].name);
|
||||
}
|
||||
delete[] keyword;
|
||||
for (i = 0; i < NCMDS; i++)
|
||||
{
|
||||
command[i].name = (char *) free_check_null((void *) command[i].name);
|
||||
}
|
||||
delete[] command;
|
||||
|
||||
free_check_null(default_data_base);
|
||||
|
||||
PHRQ_free_all();
|
||||
}
|
||||
void Phreeqc::set_phast(int tf)
|
||||
{
|
||||
this->phast = tf;
|
||||
}
|
||||
1035
System.cxx
1035
System.cxx
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
191
class_main.cpp
Normal file
191
class_main.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,191 @@
|
||||
#include "Phreeqc.h"
|
||||
#include "output.h"
|
||||
#include "phrqproto.h"
|
||||
#include "input.h"
|
||||
|
||||
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
* MAIN
|
||||
* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
int
|
||||
main(int argc, char *argv[])
|
||||
/*
|
||||
* Main program for PHREEQC
|
||||
*/
|
||||
{
|
||||
|
||||
//int errors;
|
||||
#if defined(WIN32_MEMORY_DEBUG)
|
||||
int tmpDbgFlag;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Set the debug-heap flag to keep freed blocks in the
|
||||
* heap's linked list - This will allow us to catch any
|
||||
* inadvertent use of freed memory
|
||||
*/
|
||||
tmpDbgFlag = _CrtSetDbgFlag(_CRTDBG_REPORT_FLAG);
|
||||
//tmpDbgFlag |= _CRTDBG_DELAY_FREE_MEM_DF;
|
||||
tmpDbgFlag |= _CRTDBG_LEAK_CHECK_DF;
|
||||
///tmpDbgFlag |= _CRTDBG_CHECK_ALWAYS_DF;
|
||||
_CrtSetDbgFlag(tmpDbgFlag);
|
||||
//_crtBreakAlloc = 9482;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
/*if (svnid == NULL)
|
||||
fprintf(stderr, " ");*/
|
||||
|
||||
|
||||
Phreeqc phreeqc_instance;
|
||||
phreeqc_instance.main_method(argc, argv);
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
int CLASS_QUALIFIER
|
||||
main_method(int argc, char *argv[])
|
||||
/*
|
||||
* Main program for PHREEQC
|
||||
*/
|
||||
{
|
||||
|
||||
int errors;
|
||||
void *db_cookie = NULL;
|
||||
void *input_cookie = NULL;
|
||||
#if defined(WIN32_MEMORY_DEBUG)
|
||||
int tmpDbgFlag;
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Set the debug-heap flag to keep freed blocks in the
|
||||
* heap's linked list - This will allow us to catch any
|
||||
* inadvertent use of freed memory
|
||||
*/
|
||||
tmpDbgFlag = _CrtSetDbgFlag(_CRTDBG_REPORT_FLAG);
|
||||
//tmpDbgFlag |= _CRTDBG_DELAY_FREE_MEM_DF;
|
||||
tmpDbgFlag |= _CRTDBG_LEAK_CHECK_DF;
|
||||
///tmpDbgFlag |= _CRTDBG_CHECK_ALWAYS_DF;
|
||||
_CrtSetDbgFlag(tmpDbgFlag);
|
||||
//_crtBreakAlloc = 9482;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
//if (svnid == NULL)
|
||||
// fprintf(stderr, " ");
|
||||
phast = FALSE;
|
||||
/*
|
||||
* Add callbacks for error_msg and warning_msg
|
||||
*/
|
||||
if (add_output_callback(phreeqc_handler, this) != OK)
|
||||
{
|
||||
fprintf(stderr, "ERROR: %s\n",
|
||||
"NULL pointer returned from malloc or realloc.");
|
||||
fprintf(stderr, "ERROR: %s\n", "Program terminating.");
|
||||
return -1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Open input/output files
|
||||
*/
|
||||
errors = process_file_names(argc, argv, &db_cookie, &input_cookie, TRUE);
|
||||
if (errors != 0)
|
||||
{
|
||||
//clean_up();
|
||||
return errors;
|
||||
}
|
||||
#ifdef DOS
|
||||
write_banner();
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Initialize arrays
|
||||
*/
|
||||
errors = do_initialize();
|
||||
if (errors != 0)
|
||||
{
|
||||
//clean_up();
|
||||
return errors;
|
||||
}
|
||||
/*
|
||||
* Load database into memory
|
||||
*/
|
||||
errors = read_database(getc_callback, db_cookie);
|
||||
if (errors != 0)
|
||||
{
|
||||
//clean_up();
|
||||
return errors;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Read input data for simulation
|
||||
*/
|
||||
errors = run_simulations(getc_callback, input_cookie);
|
||||
if (errors != 0)
|
||||
{
|
||||
//clean_up();
|
||||
return errors;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/*
|
||||
* Display successful status
|
||||
*/
|
||||
errors = do_status();
|
||||
if (errors != 0)
|
||||
{
|
||||
//clean_up();
|
||||
return errors;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
//clean_up();
|
||||
//close_input_files();
|
||||
//close_output_files();
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
#ifdef DOS
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
int CLASS_QUALIFIER
|
||||
write_banner(void)
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
{
|
||||
char buffer[80];
|
||||
int len, indent;
|
||||
output_msg(OUTPUT_SCREEN,
|
||||
" ÛßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßßÛ\n");
|
||||
output_msg(OUTPUT_SCREEN,
|
||||
" º º\n");
|
||||
|
||||
/* version */
|
||||
len = sprintf(buffer, "* PHREEQC-%s *", "@VERSION@");
|
||||
indent = (44 - len) / 2;
|
||||
output_msg(OUTPUT_SCREEN, "%14cº%*c%s%*cº\n", ' ', indent, ' ', buffer,
|
||||
44 - indent - len, ' ');
|
||||
|
||||
output_msg(OUTPUT_SCREEN,
|
||||
" º º\n");
|
||||
output_msg(OUTPUT_SCREEN,
|
||||
" º A hydrogeochemical transport model º\n");
|
||||
output_msg(OUTPUT_SCREEN,
|
||||
" º º\n");
|
||||
output_msg(OUTPUT_SCREEN,
|
||||
" º by º\n");
|
||||
output_msg(OUTPUT_SCREEN,
|
||||
" º D.L. Parkhurst and C.A.J. Appelo º\n");
|
||||
output_msg(OUTPUT_SCREEN,
|
||||
" º º\n");
|
||||
|
||||
|
||||
/* date */
|
||||
len = sprintf(buffer, "%s", "@VER_DATE@");
|
||||
indent = (44 - len) / 2;
|
||||
output_msg(OUTPUT_SCREEN, "%14cº%*c%s%*cº\n", ' ', indent, ' ', buffer,
|
||||
44 - indent - len, ' ');
|
||||
|
||||
output_msg(OUTPUT_SCREEN,
|
||||
" ÛÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÜÛ\n\n");
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
Loading…
x
Reference in New Issue
Block a user