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https://git.gfz-potsdam.de/naaice/model-training.git
synced 2025-12-15 17:18:22 +01:00
update readme and environment
This commit is contained in:
Hannes Signer
parent
d5d836bd98
commit
05bbb87562
22
README.md
22
README.md
@ -1,5 +1,23 @@
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# Training of AI Surrogate Models
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# Training of AI Surrogate Models
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- run `git lfs pull` to get the data from the large file storage
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This notebook contains the current experiments for training AI models that attempt to predict the chemistry component of POET.
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- create conda environment with `conda env create -f environment.yml`
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The repository is structured as follows:
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```
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└── dataset
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└── Barite_50_Data_training.h5
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└── barite_50_4_corner.h5
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└── doc
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└── results
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└── src
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└── POET_Training.ipynb
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└── convert_data.jl
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└── optuna_runs.py
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└── preprocessing.py
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```
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The datasets in `datasets` must first be pulled via `git lfs pull` to get the data from the large file storage.
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A conda environment can then be set up with the packages contained in environment.yml with `conda env create -f environment.yml`
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The `preprocessing.py` file defines all the necessary steps for preprocessing as well as the keras models used. The actual training and additional explanations then take place in `POET_Training.ipynb`.
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248
environment.yaml
Normal file
248
environment.yaml
Normal file
@ -0,0 +1,248 @@
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name: training
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channels:
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- conda-forge
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- defaults
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dependencies:
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- _libgcc_mutex=0.1=main
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- _openmp_mutex=5.1=1_gnu
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|
- absl-py=2.1.0=py311h06a4308_0
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||||||
|
- alembic=1.13.3=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- anyio=4.6.2=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- argon2-cffi=21.3.0=pyhd3eb1b0_0
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||||||
|
- argon2-cffi-bindings=21.2.0=py311h5eee18b_1
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|
- asttokens=2.0.5=pyhd3eb1b0_0
|
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|
- astunparse=1.6.3=py_0
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||||||
|
- async-lru=2.0.4=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- attrs=24.3.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- babel=2.11.0=py311h06a4308_0
|
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|
- beautifulsoup4=4.12.3=py311h06a4308_0
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|
- blas=1.0=mkl
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|
- bleach=6.2.0=py311h06a4308_0
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- bottleneck=1.4.2=py311hf4808d0_0
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|
- brotli=1.0.9=h5eee18b_9
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|
- brotli-bin=1.0.9=h5eee18b_9
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|
- brotli-python=1.0.9=py311h6a678d5_9
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|
- bzip2=1.0.8=h5eee18b_6
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|
- c-ares=1.19.1=h5eee18b_0
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|
- ca-certificates=2024.12.31=h06a4308_0
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|
- certifi=2025.1.31=py311h06a4308_0
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- cffi=1.17.1=py311h1fdaa30_1
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|
- charset-normalizer=3.3.2=pyhd3eb1b0_0
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||||||
|
- colorlog=5.0.1=py311h06a4308_1
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|
- comm=0.2.1=py311h06a4308_0
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||||||
|
- contourpy=1.3.1=py311hdb19cb5_0
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|
- cycler=0.11.0=pyhd3eb1b0_0
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|
- cyrus-sasl=2.1.28=h52b45da_1
|
||||||
|
- dbus=1.13.18=hb2f20db_0
|
||||||
|
- debugpy=1.8.11=py311h6a678d5_0
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|
- decorator=5.1.1=pyhd3eb1b0_0
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|
- defusedxml=0.7.1=pyhd3eb1b0_0
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|
- executing=0.8.3=pyhd3eb1b0_0
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|
- expat=2.6.4=h6a678d5_0
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|
- flatbuffers=24.3.25=h6a678d5_0
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|
- fontconfig=2.14.1=h55d465d_3
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|
- fonttools=4.51.0=py311h5eee18b_0
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- freetype=2.12.1=h4a9f257_0
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|
- gast=0.5.3=pyhd3eb1b0_0
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|
- giflib=5.2.2=h5eee18b_0
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|
- glib=2.78.4=h6a678d5_0
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|
- glib-tools=2.78.4=h6a678d5_0
|
||||||
|
- google-pasta=0.2.0=pyhd3eb1b0_0
|
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|
- greenlet=3.1.1=py311h6a678d5_0
|
||||||
|
- grpcio=1.62.2=py311h6a678d5_0
|
||||||
|
- gst-plugins-base=1.14.1=h6a678d5_1
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||||||
|
- gstreamer=1.14.1=h5eee18b_1
|
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|
- h11=0.14.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- h5py=3.12.1=py311hc0802c4_0
|
||||||
|
- hdf5=1.12.1=h2b7332f_3
|
||||||
|
- httpcore=1.0.2=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- httpx=0.27.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- icu=73.1=h6a678d5_0
|
||||||
|
- idna=3.7=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- imbalanced-learn=0.12.3=py311h06a4308_1
|
||||||
|
- intel-openmp=2023.1.0=hdb19cb5_46306
|
||||||
|
- ipykernel=6.29.5=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- ipython=8.30.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- ipywidgets=8.1.5=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jedi=0.19.2=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jinja2=3.1.4=py311h06a4308_1
|
||||||
|
- joblib=1.4.2=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jpeg=9e=h5eee18b_3
|
||||||
|
- json5=0.9.25=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jsonschema=4.23.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jsonschema-specifications=2023.7.1=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jupyter=1.0.0=py311h06a4308_9
|
||||||
|
- jupyter-lsp=2.2.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jupyter_client=8.6.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jupyter_console=6.6.3=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jupyter_core=5.7.2=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jupyter_events=0.10.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jupyter_server=2.14.1=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jupyter_server_terminals=0.4.4=py311h06a4308_1
|
||||||
|
- jupyterlab=4.2.5=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jupyterlab_pygments=0.1.2=py_0
|
||||||
|
- jupyterlab_server=2.27.3=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- jupyterlab_widgets=3.0.13=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- keras=3.6.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- kiwisolver=1.4.4=py311h6a678d5_0
|
||||||
|
- krb5=1.20.1=h143b758_1
|
||||||
|
- lcms2=2.16=hb9589c4_0
|
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|
- ld_impl_linux-64=2.40=h12ee557_0
|
||||||
|
- lerc=4.0.0=h6a678d5_0
|
||||||
|
- libabseil=20240116.2=cxx17_h6a678d5_0
|
||||||
|
- libbrotlicommon=1.0.9=h5eee18b_9
|
||||||
|
- libbrotlidec=1.0.9=h5eee18b_9
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|
- libbrotlienc=1.0.9=h5eee18b_9
|
||||||
|
- libclang=14.0.6=default_hc6dbbc7_2
|
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|
- libclang13=14.0.6=default_he11475f_2
|
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|
- libcups=2.4.2=h2d74bed_1
|
||||||
|
- libcurl=8.11.1=hc9e6f67_0
|
||||||
|
- libdeflate=1.22=h5eee18b_0
|
||||||
|
- libedit=3.1.20230828=h5eee18b_0
|
||||||
|
- libev=4.33=h7f8727e_1
|
||||||
|
- libffi=3.4.4=h6a678d5_1
|
||||||
|
- libgcc-ng=11.2.0=h1234567_1
|
||||||
|
- libgfortran-ng=11.2.0=h00389a5_1
|
||||||
|
- libgfortran5=11.2.0=h1234567_1
|
||||||
|
- libglib=2.78.4=hdc74915_0
|
||||||
|
- libgomp=11.2.0=h1234567_1
|
||||||
|
- libgrpc=1.62.2=h2d74bed_0
|
||||||
|
- libiconv=1.16=h5eee18b_3
|
||||||
|
- libllvm14=14.0.6=hecde1de_4
|
||||||
|
- libnghttp2=1.57.0=h2d74bed_0
|
||||||
|
- libpng=1.6.39=h5eee18b_0
|
||||||
|
- libpq=17.2=hdbd6064_0
|
||||||
|
- libprotobuf=4.25.3=he621ea3_0
|
||||||
|
- libsodium=1.0.18=h7b6447c_0
|
||||||
|
- libssh2=1.11.1=h251f7ec_0
|
||||||
|
- libstdcxx-ng=11.2.0=h1234567_1
|
||||||
|
- libtiff=4.5.1=hffd6297_1
|
||||||
|
- libuuid=1.41.5=h5eee18b_0
|
||||||
|
- libwebp-base=1.3.2=h5eee18b_1
|
||||||
|
- libxcb=1.15=h7f8727e_0
|
||||||
|
- libxkbcommon=1.0.1=h097e994_2
|
||||||
|
- libxml2=2.13.5=hfdd30dd_0
|
||||||
|
- lz4-c=1.9.4=h6a678d5_1
|
||||||
|
- mako=1.2.3=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- markdown=3.4.1=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- markdown-it-py=2.2.0=py311h06a4308_1
|
||||||
|
- markupsafe=2.1.3=py311h5eee18b_1
|
||||||
|
- matplotlib=3.10.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- matplotlib-base=3.10.0=py311hbfdbfaf_0
|
||||||
|
- matplotlib-inline=0.1.6=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- mdurl=0.1.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- mistune=2.0.4=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- mkl=2023.1.0=h213fc3f_46344
|
||||||
|
- mkl-service=2.4.0=py311h5eee18b_2
|
||||||
|
- mkl_fft=1.3.11=py311h5eee18b_0
|
||||||
|
- mkl_random=1.2.8=py311ha02d727_0
|
||||||
|
- ml_dtypes=0.4.0=py311ha02d727_0
|
||||||
|
- mysql=8.4.0=h29a9f33_1
|
||||||
|
- namex=0.0.7=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- nbclient=0.8.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- nbconvert=7.16.4=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- nbformat=5.10.4=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- ncurses=6.4=h6a678d5_0
|
||||||
|
- nest-asyncio=1.6.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- notebook=7.2.2=py311h06a4308_1
|
||||||
|
- notebook-shim=0.2.3=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- numexpr=2.10.1=py311h3c60e43_0
|
||||||
|
- numpy=1.26.4=py311h08b1b3b_0
|
||||||
|
- numpy-base=1.26.4=py311hf175353_0
|
||||||
|
- openjpeg=2.5.2=he7f1fd0_0
|
||||||
|
- openldap=2.6.4=h42fbc30_0
|
||||||
|
- openssl=3.0.15=h5eee18b_0
|
||||||
|
- opt_einsum=3.3.0=pyhd3eb1b0_1
|
||||||
|
- optree=0.12.1=py311hdb19cb5_0
|
||||||
|
- optuna=4.2.1=pyhd8ed1ab_0
|
||||||
|
- overrides=7.4.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- packaging=24.2=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- pandas=2.2.3=py311h6a678d5_0
|
||||||
|
- pandocfilters=1.5.0=pyhd3eb1b0_0
|
||||||
|
- parso=0.8.4=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- pcre2=10.42=hebb0a14_1
|
||||||
|
- pexpect=4.8.0=pyhd3eb1b0_3
|
||||||
|
- pillow=11.0.0=py311hcea889d_1
|
||||||
|
- pip=24.2=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- platformdirs=3.10.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- ply=3.11=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- prometheus_client=0.21.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- prompt-toolkit=3.0.43=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- prompt_toolkit=3.0.43=hd3eb1b0_0
|
||||||
|
- protobuf=4.25.3=py311he36ed58_1
|
||||||
|
- psutil=5.9.0=py311h5eee18b_1
|
||||||
|
- ptyprocess=0.7.0=pyhd3eb1b0_2
|
||||||
|
- pure_eval=0.2.2=pyhd3eb1b0_0
|
||||||
|
- pycparser=2.21=pyhd3eb1b0_0
|
||||||
|
- pygments=2.15.1=py311h06a4308_1
|
||||||
|
- pyparsing=3.2.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- pyqt=5.15.10=py311h6a678d5_0
|
||||||
|
- pyqt5-sip=12.13.0=py311h5eee18b_0
|
||||||
|
- pysocks=1.7.1=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- python=3.11.11=he870216_0
|
||||||
|
- python-dateutil=2.9.0post0=py311h06a4308_2
|
||||||
|
- python-fastjsonschema=2.20.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- python-flatbuffers=24.3.25=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- python-json-logger=3.2.1=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- python-tzdata=2023.3=pyhd3eb1b0_0
|
||||||
|
- pytz=2024.1=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- pyyaml=6.0.2=py311h5eee18b_0
|
||||||
|
- pyzmq=26.2.0=py311h6a678d5_0
|
||||||
|
- qt-main=5.15.2=hb6262e9_11
|
||||||
|
- qtconsole=5.6.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- qtpy=2.4.1=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- re2=2022.04.01=h295c915_0
|
||||||
|
- readline=8.2=h5eee18b_0
|
||||||
|
- referencing=0.30.2=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- requests=2.32.3=py311h06a4308_1
|
||||||
|
- rfc3339-validator=0.1.4=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- rfc3986-validator=0.1.1=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- rich=13.9.4=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- rpds-py=0.22.3=py311h4aa5aa6_0
|
||||||
|
- scikit-learn=1.5.2=py311h6a678d5_0
|
||||||
|
- scipy=1.14.1=py311h08b1b3b_0
|
||||||
|
- seaborn=0.13.2=py311h06a4308_1
|
||||||
|
- send2trash=1.8.2=py311h06a4308_1
|
||||||
|
- setuptools=75.1.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- sip=6.7.12=py311h6a678d5_1
|
||||||
|
- six=1.16.0=pyhd3eb1b0_1
|
||||||
|
- snappy=1.2.1=h6a678d5_0
|
||||||
|
- sniffio=1.3.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- soupsieve=2.5=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- sqlalchemy=2.0.37=py311h00e1ef3_0
|
||||||
|
- sqlite=3.45.3=h5eee18b_0
|
||||||
|
- stack_data=0.2.0=pyhd3eb1b0_0
|
||||||
|
- tbb=2021.8.0=hdb19cb5_0
|
||||||
|
- tensorboard=2.17.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- tensorboard-data-server=0.7.0=py311h52d8a92_1
|
||||||
|
- tensorflow=2.17.0=cpu_py311hbca4264_0
|
||||||
|
- tensorflow-base=2.17.0=cpu_py311hb07566e_0
|
||||||
|
- tensorflow-estimator=2.17.0=cpu_py311hfedf350_0
|
||||||
|
- termcolor=2.1.0=py311h06a4308_0
|
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- terminado=0.17.1=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- threadpoolctl=3.5.0=py311h92b7b1e_0
|
||||||
|
- tinycss2=1.2.1=py311h06a4308_0
|
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- tk=8.6.14=h39e8969_0
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- tornado=6.4.2=py311h5eee18b_0
|
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- tqdm=4.67.1=py311h92b7b1e_0
|
||||||
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- traitlets=5.14.3=py311h06a4308_0
|
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- typing-extensions=4.12.2=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- typing_extensions=4.12.2=py311h06a4308_0
|
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- tzdata=2024b=h04d1e81_0
|
||||||
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- unicodedata2=15.1.0=py311h5eee18b_1
|
||||||
|
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|
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||||||
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|
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|
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- werkzeug=3.0.6=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- wheel=0.44.0=py311h06a4308_0
|
||||||
|
- widgetsnbextension=4.0.13=py311h06a4308_0
|
||||||
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- wrapt=1.17.0=py311h5eee18b_0
|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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- pip:
|
||||||
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- smogn==0.1.2
|
||||||
|
prefix: /home/signer/bin/miniconda3/envs/training
|
||||||
162
environment.yml
162
environment.yml
@ -1,162 +0,0 @@
|
|||||||
name: ai
|
|
||||||
channels:
|
|
||||||
- conda-forge
|
|
||||||
- defaults
|
|
||||||
- https://repo.anaconda.com/pkgs/main
|
|
||||||
- https://repo.anaconda.com/pkgs/r
|
|
||||||
dependencies:
|
|
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|
|
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- appnope=0.1.4=pyhd8ed1ab_1
|
|
||||||
- asttokens=3.0.0=pyhd8ed1ab_1
|
|
||||||
- astunparse=1.6.3=py_0
|
|
||||||
- blas=1.0=openblas
|
|
||||||
- bottleneck=1.4.2=py311hb9f6ed7_0
|
|
||||||
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|
|
||||||
- brotli-bin=1.0.9=h80987f9_9
|
|
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|
|
||||||
- bzip2=1.0.8=h80987f9_6
|
|
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- c-ares=1.34.4=h5505292_0
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
- charset-normalizer=3.3.2=pyhd3eb1b0_0
|
|
||||||
- comm=0.2.2=pyhd8ed1ab_1
|
|
||||||
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|
|
||||||
- cycler=0.11.0=pyhd3eb1b0_0
|
|
||||||
- debugpy=1.8.11=py311h155a34a_0
|
|
||||||
- decorator=5.1.1=pyhd8ed1ab_1
|
|
||||||
- exceptiongroup=1.2.2=pyhd8ed1ab_1
|
|
||||||
- executing=2.1.0=pyhd8ed1ab_1
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
- freetype=2.12.1=hadb7bae_2
|
|
||||||
- gast=0.5.3=pyhd3eb1b0_0
|
|
||||||
- giflib=5.2.2=h80987f9_0
|
|
||||||
- google-pasta=0.2.0=pyhd3eb1b0_0
|
|
||||||
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|
|
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|
|
||||||
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|
|
||||||
- icu=75.1=hfee45f7_0
|
|
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- idna=3.7=py311hca03da5_0
|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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- jupyter_core=5.7.2=pyh31011fe_1
|
|
||||||
- keras=3.8.0=pyh753f3f9_0
|
|
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|
|
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- krb5=1.21.3=hf3e1bf2_0
|
|
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|
|
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- lerc=4.0.0=h313beb8_0
|
|
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- libabseil=20240722.0=cxx17_h07bc746_4
|
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|
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|
|
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|
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- libbrotlienc=1.0.9=h80987f9_9
|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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- libgfortran5=13.2.0=hf226fd6_3
|
|
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|
|
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|
|
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- liblzma=5.6.3=h39f12f2_1
|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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- libprotobuf=5.27.5=h53f8970_2
|
|
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- libre2-11=2024.07.02=h07bc746_2
|
|
||||||
- libsodium=1.0.20=h99b78c6_0
|
|
||||||
- libsqlite=3.47.2=h3f77e49_0
|
|
||||||
- libssh2=1.11.1=h9cc3647_0
|
|
||||||
- libtiff=4.7.0=h551f018_3
|
|
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|
|
||||||
- libxcb=1.17.0=hdb1d25a_0
|
|
||||||
- libzlib=1.3.1=h8359307_2
|
|
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- llvm-openmp=14.0.6=hc6e5704_0
|
|
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|
|
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- markdown=3.4.1=py311hca03da5_0
|
|
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- markdown-it-py=2.2.0=py311hca03da5_1
|
|
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|
|
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- matplotlib=3.10.0=py311hca03da5_0
|
|
||||||
- matplotlib-base=3.10.0=py311h7ef442a_0
|
|
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- matplotlib-inline=0.1.7=pyhd8ed1ab_1
|
|
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- mdurl=0.1.0=py311hca03da5_0
|
|
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- ml_dtypes=0.4.0=py311h7aedaa7_0
|
|
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- namex=0.0.7=py311hca03da5_0
|
|
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- ncurses=6.5=h5e97a16_2
|
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- nest-asyncio=1.6.0=pyhd8ed1ab_1
|
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|
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- numpy=1.26.4=py311he598dae_0
|
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- openjpeg=2.5.3=h8a3d83b_0
|
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- opt_einsum=3.3.0=pyhd3eb1b0_1
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
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|
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|
|
||||||
- typing_extensions=4.12.2=py311hca03da5_0
|
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- tzdata=2024b=h04d1e81_0
|
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- unicodedata2=15.1.0=py311h80987f9_1
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- urllib3=2.2.3=py311hca03da5_0
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- zeromq=4.3.5=hc1bb282_7
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- zlib=1.3.1=h8359307_2
|
|
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|
|
||||||
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